中國傳統烹飪中少不了用醬油、豆瓣醬等來調味，日本人喜歡喝味噌湯，這些醬料和味噌都是以黃豆、大麥加入米麴菌（Aspergillus oryzae） ，經過發酵製成的。它的用途非常廣泛，還可用來釀酒與做豆豉等 。黑麴菌（A. niger）工業上用來提煉檸檬酸，添加於各種果汁、甜點、糖果以產生酸味。另一種麴菌︰黃麴菌（A. flavus）則常生長在儲存的玉米、花生或黃豆上，它產生的黃麴毒素，使人畜吃後會引起肝癌。像青黴菌一樣，麴菌的孢子也是在空氣、土壤中到處散布，遇到合適的環境就萌芽、生長起來。拿些花生、黃豆或泥土，放著任它發黴，等它長出黑色或黃色的菌落後，放在顯微鏡下可看到的成串的孢子像散放的頭髮，長在一個個的圓球上，有些種類的孢子表面還會布滿小刺。通常菌落開始生長時呈白色，待分生孢子成熟後，就逐漸顯出不同的顏色來。